在对PDB（.pdb）文件进行操作时，有时仅需要保留蛋白链、核酸链、配体、或者水。 除了直接在文本文档格式下或者coot中对PDB文件中其他信息进行删除，还可以通过命令行的形式来提取，这种方法简 …

Mar 22, 2021 · 问题不清楚：我理解你的问题是 1）我想知道一个 蛋白质 的 空间结构，想查查pdb，但是不知道编号。 这个好办，不需要知道 pdb编号。直接查蛋白质的名字，其他通用的ID就行了。一个 …

Feb 22, 2020 · PDB门口的显示屏，摄于2019年 从左上角的世界地图可以看出，网站的访客遍布全世界。右侧罗列了访问最多的十个的美国城市（第一名是 纽约）和访问最多的十个非美国城市（第一名 …

pdb格式 图片取自：pdbintro 其次，我们需要知道Pymol中显示颜色的方式。Pymol有各种显示颜色的方案，我们这次会利用其能够根据b-factor上色的功能。 Pymol操作为：color选项 >> spectrum >> b …

Apr 22, 2020 · 将蛋白质pdb与 适配体pdb 对接时会出现报错，提示蛋白质pdb有问题，我是在RCSB网站下载的蛋白pdb，是需要进行什么处理，才能在用于对接的时候不报错吗？

pymol如何保存成pdb格式? 我用pymol 处理多肽后不知道怎样保存为pdb了 显示全部 关注者 12 被浏览

Apr 7, 2015 · 有谁在RCSB PDB网站下载过蛋白质的pdb文件？ 怎样从这个网站中下载到某一聚合物中某一个组成部分的pdb文件？ 例如由actin何frofilin两种蛋白质通过binding 形成complex,能不能找 …

在最基本的层面上， PDB 文件是原子和笛卡尔 (XYZ) 坐标的列表。相同的格式可用于表示任何物理对象。包含其他信息以提供有关原子的更多详细信息，以及将原子构建成氨基酸、将氨基酸（残基）构建 …

5. 恢复原位或重置视图： - 如果你想要恢复分子到原来的位置，可以重新加载原始的PDB文件，或者使用`zoom`命令重置视图回到初始状态： ``` zoom all ``` 另外，你也可以使用`transform`命令来精确地移 …

Oct 29, 2021 · 从 Alphafold 蛋白质结构数据库下载 PDB文件 发布于 2021-10-29 04:01 ・ 7765 次播放 欢迎参与讨论 迟s煜